нужно отдельно сажать каждый(!) свой летательный аппарат.

Нет, не нужно. Сажать нужно только те, для которых нужно ускорить ремонт.

Нормально было бы если бы такая же система повреждений была и на вражеских судах.

Такая же и есть. Справа снизу показана схема корабля противника, такие же повреждения точно, такие же правила. У них так же отваливаются движки, их крутит, они горят и тд.

Модифицируй корабли, броню вешай, добавляй движки, улучшай характеристики. Гладиатор при должном допиливании превращается в машину тотального унижения и соло способен выносить авианосную группу.