Система обычно одна и та же. Интернет магазин ни есть финальный инструмент обработки заказа. Скорее всего его нужно еще перенести в бух.учётную прогу и уже там, если товар числится по складу - привязать его к заказу. Скорее всего заказ был обработан позже того что поступил после. Или еще с десяток причин почему он не был зарезервирован под заказ. 
Как бы то ни было, оплата на сайте не означает что вы обязаны получить товар. Оплата лишь поступает в шлюз и блокируется на стороне продавца. Торговая сделка считается законченной после пробития всех бухгалтерских накладных и  чека. А так, это просто оплата за резерв, которая легко отменяется офертой, которая соответственно где-то на сайте должна быть. 
Такое бывает и это вполне нормально. Деньги, если шлюз позволяет, могут вернуть сразу, чтобы можно было попытать шансы еще где-нибудь.