У меня при первом прохождении так же не было. Помогла перезагрузка сохранения до "могилы" Джонни и выбора там других (уже правильных) реплик. Вполне возможно, что в игре еще есть такие влияющие скрытые места, но пока о них ничего не известно к сожалению..