Сэм, американский морской пехотинец, до начала войны служивший в московском посольстве, давно мечтал вернуться на родину и, возможно, найти свою семью. В темных туннелях метро перспектива казалась невозможной, но когда спартанцы обнаружили, что Москва была не единственным городом, оставшимся в живых после войны, надежда на светлое будущее уже не казалась такой глупой. Сэм покидает Аврору в поисках пути назад в США и добирается до гаваней Владивостока, сметенных разрушительными цунами, осыпавшихся промышленных зданий и жилых районов. Сэм скоро поймет, что для выживания ему потребуется использовать всё, чему он научился, потому что эти места окажутся не столь гостеприимными, как ожидалось. Вместе с Сэмом игроки отправятся в совершенно новое путешествие по пустошам постапокалиптической России, выживая в суровых условиях разрушенного города.

Вместе с полковником Мельниковым вы узнаете о судьбе Хлебникова в умирающем Новосибирске. В новой линейной главе вас ожидает классический игровой процесс серии Метро, дополненный новым оружием, смертоносным огнеметом, и такой знакомой напряженной атмосферой узких тоннелей.