На арчике я чищу кэш пакмана, он очень быстро вырастает на много гигабайт. Но это потому что я обноволяюсь часто.

sudo paccache -r (paccache надо поставить, наверное), либо руками (посмотри на арчвики)

Также удобная прога есть для kde - называется Filelight, там иерархически в форме круглой диаграммы видно, на что у тебя место уходит и можно сразу почистить.