Вышел из игры как? сохранился предварительно и вышел в главное меню или просто закрыл игру? Насколько я знаю в сабнавтике в режиме пермасмерти игру можно сохранить только если выйти в главное меню. Если игру просто закрыть таким образом сейва не будет вообще.