Ну, тут немного спорно. Да, согласен что без четкого главного героя в будущем не так интересно наблюдать за событиями. Мы играем за сотрудников которые как какой-нибудь герой из скурима молчат как вкопанные и делают что им скажут.
А с другой стороны у этого могли быть и другие последствия. Дезмонд был бы типичной дойной коровой, которого раскрыли уже как могли и он бы из раза в раз только и делал что бежал спасать мир от злобных тамплиеров аки павер рейнджер.
Так что тут 50/50, как бы и грустно что убили его, а с другой стороны ну убили и убили.