А что не так с булевыми операциями, они вроде как на плоских поверхностях без особых проблем работают? Моделька вроде не комплексная.

у меня бревна заходят друг в друга - через булинг просто удалялись соответствующие ряды бревен полностью, а не делались отверстия) причина была в пересекающихся фейсах (или эджах) там, где бревна заходили друг в друга, соответственно, нужно было либо пересечения удалять, тогда булинг бы сработал, либо вручную отверстия делать)