одна на Java, другая на c#.
Версия Bedrock (которая как раз на c#) более оптимизирована, можно поставить прорисовку большую и работать будет хорошо, также еще плавные анимации есть, визуально чуть глаже.
Еще есть некоторые возможности и предметы, которых нет в Java, но это работает и в обратную сторону.
Но при этом в Bedrock с модами довольно скудно, они вроде там вообще в виде длц или типа того. В Java можно спокойно устанавливать любые моды, которых огромное количество.

bedrock является кроссплатформой с мобильными и консольными платформами, у неё куча всяких фич, которых уже не будет в джаве (они проявляются, когда заходишь на разные сильно модифицированные бедрок сервера). Видимо, будущее как раз за бедроком.

Джава имеет преимущество в виде модов

На бедроке есть официальный VR