Нужно брать оба, а устанавливать только второй, тогда там будет доступна мегакомпания со всеми фракциями разом(играть можно будет только за купленные).

Можно брать второй. И первый заодно, чтобы дополнительный режим со старыми фракциями разблокировать.

Там особо сюжета и нет. Только во втором он более-менее появился, но скорее в качестве завязки кампании вихря