Это, разумеется, мои фантазии и домыслы, выдавание желаемого за действительное и все такое. Но есть такой вариант для третьей части.

Гуго остался жив. Понимая, что его не оставят в покое, нормальной жизни не дадут, идиллии в домике в горах не будет, чтобы спрятать его от Ордена, инквизиции, всяких сектантов и прочего дерьма, Амиция и Лука инсценируют его смерть. После выстрела Амиции или Луки мгновенно идут титры, мертвым мы его не видели, попали- не попали, не видели, а может, специально мимо выстрелили. В кино это древний прием, если персонаж, вроде, как ушел в лучший мир ( пристрелили, свалился куда-то и тп.) , но самого момента гибели мы не видели, значит- жди воскрешения. Нету тела- нету дела.
Так как рядом с Амицией его бы быстро нашли, то Гуго забрал Лука и теперь где-то, под другим именем, возможно, Гуго тихо сидит и обучается у Луки премудростям алхимии. Мальчик способный. В эту тайну не посвящается даже София. В третей части все раскрывается тоже не сразу, но , после различных приключений, ближе к концу, происходит встреча брата с сестрой, возможно, во взрослом возрасте, лет через 10 или больше.