Не проходил Nier: Automata на последнюю концовку, но проходил Replicant. Там в последней концовке тоже удаление сохранений, но по всем признакам это верный выбор. Смысл был в том, что ты ради благой цели готов пожертвовать даже существованием (тоже мне жертва, лол). Однако, именно эта концовка позволяет достичь цели в лучшем виде и имеет самый положительный эмоциональный окрас. Особенно, после прохождения пост концовки из ремейка.
В автомате, думаю, то же самое, хоть сути не знаю.
Насчёт аниме, то, мне кажется, это будет просто экранизация игры без какой-либо идеи, потому что уже по первой серии понятно, что качество крайне низкое.