Без разницы, истории работаю одинаково как бы ты их не проходил, по главе по очереди или закончив одного а потом другого.
Лично я прошел Алана сначала. В истории с Сагой потом интересно было. Наоборот было бы так же.
П. С. Делай сохранение мануально на старте каждой главы. Нередко описывались случаи софт локов, сам столкнулся, не запускался эндгейм