Главная задача - создание удобного и понятного древа папок. В Assets создаём папку Project, в ней будет храниться вся основная структура. В большинстве своём все внешние модули будут по умолчанию ложиться в папку Plugins, но есть и такие, которые работают непосредственно из папки Assets. Поэтому, довольно удобно хранить все свое в отдельной папке.…
Гораздо полезнее для ускорения навигации в проекте, на мой взгляд, было бы сделать историю перемещения по вкладке "Project" и добавить кнопку "назад", "вперёд" чем все эти раскрашивания.
Ну одно другому не мешает, мозг быстрее воспринимает помеченные папки, особенно в большом проекте. Но это субъективная вещь, кому как комфортнее.