Не прошел игру 10 раз, чтобы утверждать наверняка, но от выбора фракции зависит первый час пролога, и еще в диалогах бывают варианты реплик, доступные только определенной фракции. На этом вроде и все.

Концовки точно не зависят, как писали тут раньше.