не позволяя им свободно убивать и разрушать, вы исключаете то самое, что делает Супермена особенным.чё? Все супергерои теоретически способны убивать, но не делают этого потому что моральный кодекс. Взять, например, игру от Инсомниак про Человека-Паука. Гражданские там есть. Бить их нельзя. Мешает это погружению? Для меня - нет.
Ну или всегда можно вообще считерить и пойти по пути серии Аркхем. Тупо поместить героя туда, где нет мирных людей и пусть игроки всё разрушают направо и налево. Объявить, например, какой-нибудь уровень инопланетной угрозы, эвакуировать всех из Метрополиса и пусть Супс развлекается.