только вот вселенная ремейка не первая :) первая - оригинал 1997 года и сопутствующие (crisis core, advent children, dirge of cerberus и новеллы всяческие). различия нам даются с первых кадров ремейка, чтобы понять, что это уже что-то альтернативное. в первые же секунды на вокзале первой миссии на всех экранах пункт назначения - сектор 5 (где живет Аэрис), что уже является намеком зачем тут это все :) раннее появление Сефирота, глюки "о будущем" (на самом деле прошлом) Клауда (когда он падает в церковь Аэрис так вообще прямой диалога с будущим-прошлым Клаудом) и т.д.
квадраты обозначили происходящее как "разные таймлайны но не в том понимании к которому все привыкли", поэтому если спекулировать, то я предполагаю умирающая планета (=лайфстрим) в попытках спасти себя дает Клауду второй шанс (потенциально обыграно в Loveless как "дар богини"), тк для выживания планеты требуется полное уничтожение Дженовы/Сефирота (чего не произошло в оригинале) и выживание цетры-Аэрис (чего не произошло в оригинале). дальнейшие разветвления, начавшиеся в конце ремейка, это последствия хрупкости лайфстрима и решений команды - так в ремейке Аэрис принимает решение спасти Зака, что порождает еще одну ветку, а в реберфе Клауд в отчаянной попытке спасти Аэрис порождает еще одну.
теоретизировать круто, за это квадратам спасибо большое, но конечно точных ответов до 3 части не получим, а это еще 2,5 года минимум, эээх