Папа с маленьким ребенком входит в убежище, в которое никто никогда не входит и не выходит. Через девятнадцать лет папа выходит из убежища, из которого никто не выходит, чтобы продолжить работу над проектом, который он забросил. Проект он забросил из-за ребёнка. Ребёнка он забросил из-за проекта. Смотритель убежища, который не хотел его впускать, не хочет его отпускать, и поэтому пытает и убивает друга папаши, чтобы выяснить причину, по которой папа ушёл, хотя и так, судя по роликам, её знает. Подросшее дитятко бежит за папой, хотя ему это не нужно совершенно. "Ему" в данном контексте может означать и папашу, и ребеночка. Смотритель хочет помешать сбежать ребенку, который не хочет сбегать, и для этого посылает по его душу всю охрану убежища, вынуждая его сбежать ради спасения собственной шкуры.
Выйдя из убежища, из которого никто никогда не выходит, с разницей в максимум пару часов с отцом, мы обнаруживаем, что отец уже опережает нас на дни. В его поисках (которые выглядят как расспрашивание каждого встречного-поперечного о том, не видел ли он мужчину средних лет среднего роста - божественное описание, крайне детализированное) мы обнаруживаем, что он направился в радиостанцию, хотя делать там ему совершенно нечего. В конце концов, папаша узнаёт, что для очистки воды ему нужен ГЭКК, который способен куда на большее, и застревает в Транквилити-Лэйн, где, несмотря на общий омск, сюжет приобретает хоть какую-то осмысленность.
Папаша жертвует собой, чтобы не допустить попадания своей машины в руки людей, которые хотят её починить. В результате очиститель, которому незачем существовать, да ещё в том месте, куда его поставили сценаристы и дизайнеры мира, выпускает смертельную радиацию, которой в нём неоткуда взяться, и убивает полковника Отемна, которому там находиться незачем. Дитятко вместе с учёными бежит в головной офис Братства Стали. Братство Стали, заклятых врагов Анклава и хранителей технологий, помогающее на пустоши всем и вся, приходится некоторое время уламывать, прежде чем они соглашаются помочь своим старым проверенным друзьям победить Анклав и сохранить утраченную высококлассную технологию. Потом мы проходим через деревню детей, которые опращофывщарщроп щшвапгщшрошщг олар чтобы заполучить ГЭКК, устройство, любой способ использования которого будет практичнее того, которым его собираемся использовать мы. Потом полковник Отемн, которого нет в живых, берет нас в плен с помощью светошумовой гранаты, отсутствующей в игре, кроме как в этой катсцене, в месте, которого он не должен быть в состоянии достичь, чтобы помешать нам починить машину, которую он хочет починить. Потом он пытает нас ради кода, который ничего не значит и отдавать ему который у нас нет ни единой причины. Потом президент отпускает нас, чтобы привести в действие план, который не выгоден никому, а нам - меньше всего. Тем временем Отемн, у которого нет никаких причин бунтовать против президента, бунтует против президента, хотя на его дальнейших действиях и отношении остальных солдат к нему это не сказывается никак.
В финальной битве у всех одна цель: завести очиститель. Ради этой всепоглощающей цели мы идём в бой. Полковник Отемн жертвует собой чтобы помешать нам включить машину, которую он хочет включить. Договориться с полковником, желающим того же самого, что и мы, разумеется, возможности нет, но есть возможность привести в исполнение дурацкий план президента. Наконец, Анклав побеждает сам себя, саботируя машину, которую пытался активировать, заставляя её взорваться, хотя она не должна бы, и заставляя нас войти в очиститель и умереть от радиации, которой в очистителе взяться неоткуда, и от которой не умирают под раздачу в камере в разное время попали Отемн, главный герой, его папаша и Сара Лайонс, а опционально - ещё и любой из компаньонов, но помирает от неё только один из всей этой толпы. Неудачник. - во всяком случае, после того, как DLC отретконило нашу смерть...