Поэтому, научившись на своем горьком опыте, я предпочитаю почти ежедневный бекап и второй вариант.

Так глядишь ты и до системы контроля версий доживёшь и она сама за тебя будет находить изменённые файлы. И даже позволит сделать им revert.