Циклоп в Сабнавтике действительно идеальный пример - двухэтажная подлодка, со сферическим иллюминатором, ангаром для более мелкой лодки, возможностью кастомизировать внутреннее пространство и даже необходимостью иногда взять в руки огнетушитель и побегать по кораблю. Автор, обрати внимание, звучит как механика твоей мечты.
Она, правда, в игре доступна будет только в последней трети прогресса, но скоро должно будет выйти DLC с новыми миром и дополнительными видами транспота.

По большому сабнавтика пока единственная игра в полной мере дающая чувство управления кораблем. В остальных это или тупо хаб как в старбаунде, или корабль практически неуправляется как в FTL.
Еще наверное инженеры, но там не уверен насколько вообще интересно на нем летать после постройки.