Я сейчас скажу страшную вещь - Джоэл по нашим нормам морали вполне себе злодей. Я сейчас скажу страшную вещь - по таким нормам морали в первой части "злодеи" все.
История у игры тем и была хороша как бы: в ней не было "хороших" или "плохих" персонажей. Не было нелепейшего морализаторства, в которое Дракман ударился в продолжении.
В ней были люди, вынужденные выживать в определённых условиях. Проявляя качества своего характера в каждой ситуации по-разному. 
А те, кто придерживался высоких моральных норм, в мире TLoU кончились ещё в начале описываемых историей событий.
Джоэл это человек, у которого убили дочь. Солдат с готовностью выполнил приказ (который он мог легко не выполнять, кстати), расстреляв двух гражданских. Немного закономерно, что Джоэл после этого не страдает альтруизмом, бескорыстной любовью к человечеству, и вообще к людям относится не то чтобы хорошо. Он к ним относится ровно так же, как они относятся к нему. Он их рассматривает сугубо с практической точки зрения и чётко делит по принципу свой/чужой. 
Да, Джоэл, возможно, действительно заслужил свою канаву. Только её там заслужили вообще все. И Джоэл на фоне этих всех своими моральными принципами не выделяется никак. 

Джоэл по нашим нормам морали вполне себе злодей.Джоэл совершенно очевидно заслужил свою бесславную смерть в канаве. Почему он злой? Почему он антигерой?

Но он же спас девочку, отцовские чувства, он убил ВСЕХ что бы спасти её! У тебя нет детей поэтому ты не понимаешь.

Хир ви го эген...

Помню, как он хладнокровно пытал и убивал людей и я думал: 
"Я точно вот этому парню должен сопереживать?"

Чел, и так понятно, что Джоэл это неоднозначный персонаж. Более того, в первой части хотели это показать. Плюс надо понимать, что Джоэл в принципе ничем не отличается от любого другого в мире постапокалипсиса - всю игру нам показывали, каким жестоким стал мир, где остерегаться надо не только мутантов, но и людей. Вспомни тех же каннибалов.

И мне так нравится, когда люди считают, что Джоэл заслужил смерть, что он поступил неправильно в концовке первой части. Лол, а ничего, что создание вакцины это 50/50, тем более в условиях постапокалипсиса + Элли просто не дали выбора, никто не сказал ей, что эта операция в один конец + привязанность к Элли, которая стала для него новым смыслом + и даже если вакцину создадут со стопроцентной вероятностью - а стоит ли вообще спасать мир, где царит одно насилие?

Ну а возвращаясь к тому, что Джоэла «выставили злодеем» во второй части - по факту. Как по мне, как-то натянуто вышло с обидой Элли на Джоэла, и его как бы наказывают этой ее холодностью к нему. Более того, во второй части пытаются изменить мотивацию героя - Элли не горела спасением мира в первой части, а во второй части она готова порвать отношения с Джоэлом за то, что тот не дал умереть ей на операционном столе. Простите, но это бред. Я молчу о том, какими ангелами пытаются выставить отца Эбби и Марлин в начале второй части. И именно на этом контрасте игра пытается выставить Джоэла пидорасом, который поубивал всех стоявших на его пути. В первой части Марлин явно дает понять, что жизнь Элли важнее, чем ее и Джоэла, поэтому ни за что не разрешает Джоэлу забрать Элли. И так неправдоподобно выглядят во второй части эти попытки переубедить отца Эбби в том, чтобы искать другие пути, не убивая, девочку