Мои предположения что Алекс будет что-то там делать, чтобы форсировать прибытие Фримена, на что намекает фраза от вортигонта "Одна ты его не спасёшь"(его - отца).
И игру подведут до встречи с Фрименом, его покажут в той сцене где они впервые встретились, мы его увидим его со стороны. Она спасла его от комбайнов вскоре после его прибытия и провела в лабораторию с порталом.

Был бы очень крутой финал для приквела :)

Ну и наверняка какую-нибудь затравку оставят по третьему эпизоду.

В общем, сюрпризов будет много (очень хочется надеяться на это).