В смысле откуда появилась черная жижа (она же патоген)? По-моему, ясно что это либо изобретение инженеров, либо то, откуда они сами вышли и потом приручили. Собственное в начале "Прометея" прямо показывается, что такое патоген. А что не так с циклом жизни? На нём прекрасно иллюстрируется хаотичность патогена, где всё же прослеживаются некоторые закономерности - для хранения патогена всегда требуется контейнер, будь то грибы из "Завета", колбы из "Прометея" либо фейсхаггеры в яйцах из классики (да, кстати, фейсхаггеры откладывают в носителя не эмбрион, а именно патоген).

Ридли Скотт расширил вселенную, подробнее рассказал про инеженеров, ввёл в повествование патоген инженеров. Он сделал для своего детища больше, что все другие 
киносиквелы за последние 10 лет. Да, фильмы местами тупые в плане поведения персонажей, но и морпехи из "Чужих" тоже умом не блистали, однако же "Чужие" у вас культовое кино, а приквелы Скотта - просирание полимеров. К сожалению, так называемые кинокритики типа Баженова, настроили общественное мнение против.

https://vimeo.com/228756074