Походу тру посоны тут всё правильно разжевали.
1. Есть, допустим вселенная Тоби и миллиард её одинаковых и отличающихся копий в каждую секунду времени.
2. Та вселенная, которую нам показали в нулевых (и миллиард её копий) давно улетела в будущее и там всё осталось так как осталось.
3. Заклинание выдернуло злодея из любой такой же вселенной за мгновение до его кончины, тем самым создав нексус событие, но только в ней (остальные миллиарды вселенных так и продолжили быть самими собой)
4. Варианты злодеев потусили в КВМ и вернулись в ту самую вселенную, откуда их выдернули (пункт 3). Исход дальнейших событий этой новой вселенной никому доподлинно неизвестен, но предположительно пошёл под откос (в лучшую или худшую сторону) (также ничего могло и не поменяться и злодей тут же погиб)
5. Для пауков в этих вселенных (откуда дернули злодеев) это выглядело, будто у них на глазах персонаж резко ослабел и потерял силы/излечился (потому что они не исчезали, так как их вернули в тот же момент)
6. Пауки, прибывшие в КВМ являются вариантами пауков из своих вселенных (таких же, какие мы видели в предыдущих фильмах). Только там прошло уже несколько лет.
7. На этих пауков действуют те же правила.