Можно в фотошопе, еще в aseprite рисовать сейчас модно. 
По пиксель-арту советую https://habr.com/ru/post/247333/ и книгу "Pixel Logic", а в остальном пиксельная анимация работает по тем же правилам что и классическая, гугли 12 принципов анимации.