Ну вообще, это решается программно, если через WinAPI добавить окну плеера флаг стиля WS_EX_TRANSPARENT

Но сорре, я не знаю, конкретных программ, которые это делают с окнами других приложений. Я лично для себя наговнокодил плеер для музыки, и в его консольке добавил команду для таких финтов с чужими окнами.