Я завяз в побочках и теперь не могу придумать как бы это всё свести к финальному противостоянию, чтобы это не было пшиком, особенно учитывая что у меня есть еще как минимум пара сюжетных хвостов...

Дай злодею делать его дело.
Дай партии достаточно прозрачно понять, что если он это сделает — то жопа.
Дай им самим прийти и помешать ему (разумеется, продумав где и в каких обстоятельствах он вершит свое злодеяние, кто ему в этом помогает и как он себя обезопасил), а не выстраивай им сценарий.

Впрочем, судя по посту в камментах, который успел появиться пока я писал, это будет проблематично сделать.
Совет на будущее: перегруженные мастерской сюжетностью кампании тяготеют к таким финалам. Тут надо или продумывать финал еще до начала игры, или расставлять силы с прицелом, что они могут и победить. И "противник на столько сильный, что с ним нельзя справиться, кроме как..." — это такое себе, увы для второго случая.