Можно, но не все. Некоторые доп задания, даже если ты их взял, будут аннулированы, если ты не успел пройти их до определенной главы. Стрелков, если я не ошибаюсь, за Джона уже нельзя будет поймать(да даже за Артура уже будет нельзя, после какой-то главы).

UPD: вот тебе список всех миссий, включая те, которые пропадут. 
https://www.reddit.com/r/reddeadredemption/comments/9u7bku/spolierfree_mission_list_including_missable/