отчетливо слышно как HDD разгоняется и только после этого идет сохранение (но при этом я могу вообще не касаться директорий на HDD).Хмммм. А на HDD отключен файл подкачки?
Ещё убедись что с твоего hdd ничего внепланого не запускается. Для этого, например, можно включить в диспетчере отображение "командной строки"(незнаю как в русской версии, но нужно чтобы бы показывало путь к исполняемому файлу), и отсортируй его по буквам. Некоторые программы можно так заметить. Также хорошо бы проследить по загрузке процессора, вдруг что странное заметишь во время фризов этих.
Похоже что проиcходит некое внеочередное обращение к жёсткому диску. По идее на свежей системе это может делать файл подкачки, или антивирус каким-то образом оставивший там свои файлы.
Ещё бывают случаи, когда из-за какого-то косяка или недосмотра в одну библиотеку дирректорий попадают дирректории с разных носителей, и при их открытии опрашиваются разом все дирректории, даже если ты не докручиваешь до неё никогда. Но на чистой системе такого быть не должно, да и рабочий стол вроде как не библиотека дирректорий.