Сначала тебе нужно сказать sshd чтоб юзал internal-sftp, вот так
Subsystem sftp internal-sftpУже здесь под рутом должно заработать все спокойно. Никаких конфликтов быть не может, потому что sftp это часть sshd.

Потом можно либо завести отдельного юзера, либо группу для подключений по сфтп, и дополнить конфиг чем-то таким:
Match Group sftpusers X11Forwarding no AllowTcpForwarding no ChrootDirectory /sftp/%u ForceCommand internal-sftp

Тогда юзеры из группы sftpusers не смогут юзать терминал, но смогут ходить по сфтп.