У меня похожая проблема была, когда жесткий диск помирал. Если видео файл очень здоровенный, в буфер не успевал считаться нужный кусок видео и возникало подвисание. Пробовал ковыряться с настройками vlc (увеличивать размер буфера и т.д.), но в итоге помогла только замена жесткого диска