Прежде чем тупо написать список, стоит отметить, что я давний фанат серии, а если точно, то с МГС1 на ПС1. У серии есть несколько спиноффов и неканоничных частей, которые можно смело пропускать. Ну и спрашивать про МГС на ПеКарьском ресурсе это так себе идея. Все тебе скажут что МГС5 топ, а остальное - мусор с бредом японским.

Прежде всего необходимо пройти основной сюжет весь, а именно:
MGS
MGS2
MGS3
MGS4
В первой части внимательно прослушать все, в меню BRIEFING. Там все про МГ1 и МГ2 расскажут (они очень устарели, можно пройти потом ради интереса).

Этими частями ты покроешь всю сюжетную составляющую серии.
Дальше уже можно эксперементировать и пройти MGR, если любишь слешеры Platinum games. Peace walker отлично играется в портативе, но в нем сумасшедшая японщина зашкаливает даже по меркам МГС. Ну и многострадальная MGS5, в которой лучший геймплей в серии, но нет сюжета вообще, а серию всегда любили именно за сюжет. 

UPDATE: 
Ну и ни в коем случае нельзя проходить в хронологическом порядке. Метаистория Биг Босса тогда не сработает.