Отключи HDD от системы. Если без него материнка стартует быстро, значит и проблема в HDD. Попробуй ещё земенить Sata кабель. У меня была проблема из-за него, да такая, что HDD через год умер. Не поможет, покупай новый HDD. Ничем ему уже не помочь.

Советую уже прикупить SSD. Под Винду даже если самый дешёвый на 120 гигов взять, разница между ним и HDD будет колоссальной.