Для ютуба есть сервис viewsync.net, позволяет одновременно запустить 2 видео и слушать дорожку из одного, а смотреть на другое. Также удобно, например, стримы митингов собирать в одну кучу, чтобы ничего не пропустить, навроде того как это делает multitwitch.tv. С помощью этой штуки можно, например, сделать дубляж или закадровый перевод какого-то видео, не нарушая авторские права.

А вот для твоих целей, скорее всего придется извлекать дорожку из одного видео и подключать внешней дорожкой к другому видео. Главное чтобы тайминги совпали. Какие-то плееры умеют работать с внешними дорогами, какие-то то не очень. MPC-HC например нужно, чтобы аудиодорожка называлась также как видеофайл и лежала рядом с ним в одной папке.