Проблема решена:

Достал из компа все геймпады, кроме одного и все заработало моментально. Видимо, если к ПК подключено больше 1-го геймпада — игра тупит.

/upd2 работает только проводной геймпад, но не исключаю, что это из-за шаманства с эмулятором. Мне лень переставлять оригинальные файлы, чтобы проверить. Так что буду с проводного играть.

Как это не странно, после того, как игра один раз обнаружила проводной геймпад, вставил обратно беспроводные и все перезапустил — проводной работает без проблем.

Добавил в тему, может кому поможет сэкономить время.