Я не эксперт, но исходя из личного опыта:
Vortex - уже давно им не пользовался, специфики не помню
NMM - легко и удобно
MO2 - сложно
LOOT - обязателен, для организации (причем в один клик) порядка модов после их установки в NMM или Wrye Bash
BOSS - устарело
Wrye Bash - тот же NMM, только гораздо функциональнее и чуть сложнее в использовании, сам недавно на нее перешел