по фактам)

Ну, всё же не совсем так. Гипотеза это больше как небольшое высказывание, умозаключение, предсказание. Оно может выполниться или нет, может правильно или неправильно описывать те или иные факты.

Теория же имеет структуру, это объединение множества гипотез. Или объединение нескольких теорий, которые до этого были разделены, но нашли у них точки соприкосновения. 
Не так обязательно, чтобы она была "доказано" или "проверена". Теорий может быть множество, просто одна из них должна быть главенствующей, которую принимает большинство специалистов в этой области знаний.

У теорий, как у моделей, есть границы применимости.
Ньютоновская механика это теория, общая теория относительности это тоже теория. Но вторая включает первую.