“Матрица: Революция” заканчивается тем, что Нео побеждает Агента Смита и останавливает вирус, который грозит дестабилизации Матрицы. Смита вычищают, Матрица обновляется до новой версии и начинается Перемирие.Нет. Смит и Нео - две части, своеобразные Инь и Янь одной сущности - Избранного. Нео пришёл к Источнику не для деактивации Смита, а для того, чтобы часть кода, которую он оставил в Смите в конце первого фильма, тоже вернулась в Источник, чтобы Предназначение исполнилось полностью.