Согласно логике фильма, Протагонист больше в прошлое не отправлялся. Он знал все и всех, и ему незачем было возвращаться назад. Ему нужен был только Нил, который очевидно под конец фильма прекрасно знал все события. Нил из временной ветки фильма - четкий исполнитель, полностью отдающий себе отчет в происходящем. Если искать самое простое объяснение - это Нил завербованный после финала фильма. Хочу также напомнить что через инверсию невозможно двигаться вперед, только назад. Чтобы двинуться вперед, нужно перед этим выйти, увидев как ты в обычном времени движешься в инверсию. У Нила было две возможности так сделать - либо очень сильно после событий фильма, либо между Оперой и Бомбеем. Тут трактовка двоякая, но в любом случае период длительной инверсии должен был быть. В противном случае мы бы получили двух Нилов в петле фильма, один из которых непонятно откуда взялся.

Если бы я делал альтернативную схему по вашему предложению, то Нил бы появился из ниоткуда в Опере. Просто пришел, потому что получил послание из будущего (как, неясно), затем отправился в Бомбей и познакомился с Протагонистом. В таком случае вербовку Нила приходится искать за пределами таймлайнов и сценария, просто додумывая