Никакой нестыковки. Говард Старк нашел Тесеракт, когда искал Капитана Америку, упавшего в океан. Он же создал проект Pegasus, в котором участвовала Мар-Велл, создавая двигатель и используя при этом Тесеракт. Послее ее гибели, Тесеракт на 6 лет оказался на ее корабле на орбите и в конце фильма снова достается Щиту. Далее см. Мстители часть 1.