Сюжет сериала концентрируется на Сэг-Эле — дедушке Супермена, который пытается восстановить честь своей семьи и спасти Криптон от гибели, к которой планету может привести клан Зод. В трейлере второго сезона «Криптона» также можно увидеть несколько ключевых врагов Супермена: Брейниака, Думсдэя и наёмника Лобо.