Что значит Лукас единственный кто не воспринимал всерьез РВ? 
Это вообще то политика Лукасфильм. Было четкое разделение, и фанаты прекрасно разбирались в канонах, никакой одинаковой каноничности для них не было, только глупец мог ставить в один ряд слова автора и катастрофически скачущий уровень качества РВ.
Есть истинный канон, это G-канон (6 фильмов Лукаса), далее менее приоритетный Т-канон (мультсериалы от Филони и Ко), и есть собственно РВ в основной своей массе, это С-канон. Есть еще более низкие уровни, но их и упоминать не стоит.
Так вот, Лукасфилм четко разделяла грани, все что было в G-каноне это правда, в Т-каноне ближе к правде но возможны нюансы, а РВ, они же С-канон - грубо говоря фанфики, может было а может и нет. Пока они не противоречат первым двум канонам их можно воспринимать как условное продолжение мира Лукаса, но при первом же щелчке Бати они отправляются на свалку. Так бы и было например с юужань вонгами и клонами императора возьмись Лукас снимать новые эпизоды лично.

На самом деле, каноничность того или иного произведения — это сугубо внутренняя фича, необходимая создателям, чтобы синхронизировать мириады разных историй между собой и рассказывать непротиворечивую друг другу историю. На качество продукта принадлежность к актуальному канону франшизы не влияет никак.

Глупость несусветная. Есть творец, автор вселенной, никто никогда не поймет и не раскроет его творения лучше. 
Никто не напишет спинофф Ромео и Джульетты качеством на уровне Шекспира. Никто не напишет достойного продолжения Властелина Колец или блин Гарри Поттера. Никто не снимет так как Кубрик. 

Но да, при этом все еще могут быть крепкие, качественные проекты использующие материал автора, или например художественные переосмысления или взгляд с другой точки зрения. Но это все равно абсолютно другой уровень и нельзя его ровнять с оригиналом. И главное вовсе не нужно.

Кроме того, каноничность того или иного произведения — вопрос условный. В противном случае мы должны принять на веру, что повстанческий флот в «Повстанцах» ограничивается тремя кораблями, отрицательные герои мультсериалов «Повстанцы» и «Сопротивление» — поголовные идиоты, а джедайские навыки прокачиваются вместе с ростом опыта, который можно получить за выполнение квестов и убийство врагов, как в видеоиграх.

Не должны. Именно для этого и существует градация канона в SW.
Т.е. с позиции этой градации, Повстанцы это полуправдивая история. Как если бы ее рассказывали спустя много лет привирая, натягивая на глобус или просто позабыв детали. Да и рассказывает ее не свидетель событий, он же автор, он же Лукас в данном случае, а скажем - условный пересказчик. 
И это уже нивелирует "поголовных идиотов" и "три корабля". 

С играми еще проще, там в угоду геймплея существуют игровые условности, те самые прокачки, аптечки и т.п. Так вот, С-канон и позволяет вывести это за скобки. 

Даже в Knights of the Old Republic финал зависел от того, какую сторону Силы выбирал игрок. И какую версию принимать за каноничную? И должны ли любители каноничности впредь отыгрывать только «правильный» выбор, а не тот, который хочется сделать именно им?

Принимать ту которую сделали каноном создатели. Как и было в Которе.
И нет, игрок не обязан отыгрывать именно и только ее, но при этом каноном все равно будет лишь та которую выбрали разработчики. Потому что без системы начинается хаос. А дальше будет вакханалия в попытках угодить всем, как это часто случается в играх с переносом достижений. По факту выбор там всегда игнорируется, сливается, и все эти сюжетные завязки тихонько отодвигаются на второй план. 

Современные диснеевские фильмы входят в новый канон «Звёздных войн», но миллионы фанатов всё равно ими недовольны. Как же так? Может, интересная история всё-таки важнее истории каноничной и непротиворечивой?

И тут все просто. Диснеевский канон существует лишь на бумажках бизнесменов и студий, это ничто с художественной ценности. Сегодня он есть, завтра - нет. И относится к этому стоит так же.
А вот авторский канон будет всегда. Вся шелуха смоется с годами и останется лишь истинное произведение. Никто не вспомнит Перумова например, а вот труд Толкина будет классикой и через века.