Насчёт Сайфера. Он хочет, чтобы его тело подключили обратно к Матрице, и стёрли память о 10 годах, проведенных в разбуженном состоянии. За это он готов выдать Морфеуса.

Вопрос: А какой смысл машинам вообще беспокоиться о том, что будет с телом Сайфера после того, как они схватят Морфеуса? Зачем машинам выполнять свою часть этой сделки?

Обычно, когда люди договариваются с врагом о компромиссе, то они оставляют какой-то способ проконтролировать, что условия сделки будут выполнены. Это может быть угроза суда (или вмешательство более крупного босса мафии), шантаж, или угроза ответного насилия.

А тут у Сайфера нет никаких рычагов давления или гарантий. После стирания памяти Сайфер вообще никак не сможет проконтролировать, была ли сделка вообще исполнена. 

Стирание памяти тут равно самоубийству. Не хочешь жрать баланду? Просто пойди и застрелись, или останься в Зионе, где еда всё-таки получше. Но Сайфер почему-то слепо доверяет машинам, настолько, что готов пойти на предательство, ведущее к смерти друзей (ну ладно, коллег. Хотя к Тринити у него, похоже, чувства). Почему он не пришел к простому логическому выводу, что обещаниям агентов Матрицы нельзя верить? 

По-моему, это сценарный косяк.