Фильм и вправду оставляет много вопросов и не стыковок, разбор сюжета очень хорош что даже не поленился прочитать коментарии и тут уже все разделяются на два варианта существования Зеона, является ли он симуляцией или все же нет. Рассмотрим первый вариант когда Зеон является симуляцией, это я бы даже сказал самый простой способ объяснить все не стыковки, всю так сказать "магию" Нео на Зеоне, ведь это симуляция и там допускаются такие вещи, да и как можно каждые 20 лет первопроходцам вышедшим из матрицы снова уже в какой раз его восстанавливать после очередной перезагрузки, чем при этом питаются, откуда инструменты и как меньше чем за 20 лет спроектировать и собирать сложно технические гравитационные корабли, ну тогда может это делают уцелевшие после разрушения Зеона, но за 20 лет, как, да и зачем, через это же время это повторится, но симуляция Зеона все очень просто объясняет, очень удобно, даже слишком просто для такой обсуждаемой трилогии. А что если посмотреть с другой стороны когда Зеон это не симуляция, более того он нужен роботам для своего постоянного существования, ведь человек это единственный источник питания для них, а сколько человек сможет прожить в капсуле, 50 - 60 лет , естественный процесс как старение не изменить , а сколько было перезагрузок до этой трилогии, 6 насколько я помню, значит у роботов должен быть нескончаемый склад с людьми, как им производить людей для дальнейшей их эксплуатации, для этого как раз и предназначен Зеон где все происходит естественным процессом вышедших из симуляции, скорее это даже контролируемый выход отобранных, а перезагрузка делается что бы популяция не переходила рамки, для облегчения контроля людей. Остальные нюансы допишу завтра их много, а я спать хочу.