Примечательно, проблема синков после апдейтов только на Винде, на Маке любой апдейте залетает за 5 секунд. Нам суппорт Юнити выдал такое решение для Виндовс: Сразу после загрузки редактора (да-да ждать 15 минут), нужно перейти в историю Collab и нажать рестор на текущей ревизии(но будьте осторожны, если у вас есть локальные изменения, такая операция произведет к их потери). Ну а дальше, после нехитрой манипуляции, любой апдейт в течении сессии редактора на Виндовс, залетает за 5 секунд. Надеюсь кому-то помог.