Прокачка главного героя остается, армию в большинстве миссий отбирают. Ну или пользуются любимым приемом, езжай на дело возьми одного-двух доверенных людей, остальных наймешь на месте

При переходе из карты на карту отбирают армию, не всю но значительную часть, почти все деньги и предметы. Только в последних миссиях оставляют всё