Что касается игровой части, то MicroBot ─ это простенький аркадный шутер. Ваша капсулу можно сравнить с настоящим боевым кораблем. В распоряжении игрока оказывается целый арсенал из почти двух десятков разнообразных стволов, на любой вкус и цвет. Система прокачки позволяет не только усилить каждый вид оружия, но и обвешать своего наноробота конкретно под себя любимого. И всем этим богатством предстоит уничтожать не только рядовых противников, но и крупных боссов, коих здесь пять штук. В качестве врагов здесь выступают не только различные вирусы и бактерии, но и наномашины предыдущей версии, у которых сбилась программа, и теперь они занимаются вредительством.