Зачастую достаточно не патчить игру, а просто положить в ту же папку с игрой патч-файл с точно таким же названием. Он будет подхватываться эмулятором, но при этом ром будет считаться оригинальным. Минус способа - когда нужно применять более одного патча к рому.