Но при всей своей закрученности и внешней серьёзности, сюжет не боялся «перегибать палку», быть смешным и глупым, как любое хорошее произведение о теориях заговора. История Deus Ex умело перемежала остросюжетный триллер с философской драмой, а философскую драму с сатирой, из-за чего комедийные моменты здесь действительно вызывали смех, а трагичные — по-настоящему трогали. Нарратив работал по той же схеме, что и в Metal Gear Solid.