Отличный материал. Т.к. занимаюсь тем же самым, добавлю свои мысли т.к. подхожу с немного другой стороны.
1) От сборки ПК под DOS я, к своему сожалению, отказался. Слишком много тонкостей, много разного железа и состояние этого железа часто оставляет желать лучшего. Не получится одной сборкой покрыть все ситуации все равно, поэтому эту эпоху оставляем на откуп DOSBox-у и современному железу.
2) Я люблю комфорт. И у меня теплые чувства к старому софту и играм. Но у меня нет никакой ностальгии по скрипящим хардам и ЭЛТ мониторам. Я там был и это мне не нравилось уже тогда. Поэтому я собираю с немного другой перспективой - в современном корпусе, с современным БП и только с ссд (скорости той же 98ой это никакой не даст, зато тишина и покой). ЦП должен быть энергоэффективным чтобы можно было соорудить бесшумную (неслышимую) систему охлаждения. И т.п.
3) Следует из предыдущего. Главное, чтобы железо позволяло организовать подходящую среду для работы старого софта без костылей. Софт важнее железа, я хочу играть в ретро игру на ретро ОС, с хардварным EAX, 100% аутентичность ВСЕГО железа не так важна.
4) Т.к. никакой любви к пузатым мониторам нет, если игра может в высокие разрешения и фреймрейт не ломаясь - отлично. Монитор используем современный и очень хороший
5) Я люблю возится с железом и мне в кайф собирать на интересных и/или крутых железках даже если они старые. Все вышесказанное как раз относится к мотивации собирающих WinXP комп с железом, умеющим в DX9. У меня как раз такой. Сборка, например, на PIII у меня тоже есть, мне в кайф было ее собрать, но использовать ее я не буду.

На чем в итоге все остановилось:
1. Под Windows 98. Без дуалбутов.
Основа - матплата Asrock 775i65G R3.0
Почему: 775ый сокет при этом полная поддержка Windows 98. Никаких костылей. На плате есть USB2, 100Мбит сеть, AGP слот под видяху, SATA порты, которые работают в режиме эмуляции IDE, все набортные контроллеры имеют Windows 98 драйвера. Задумка Асрока, скорее всего, состояла в том, чтобы выпустить матплату для замены выходящих из строя плат во всяких древних промышленных ПК где софт жестко привязан к 98ой винде при этом использовав распространенный сокет. Ну, нам это и нужно.
Процессор - юзаем pentium E серии (на core2). Почему - они дешевле грязи т.к. никогда не были топовыми, они холодные по этой же причине и не напрягают простенький VRM на матплате (в отличии от тех же P4), они рвут на тряпки любой существующий Pentium 4, но при этом их в биосе можно и притормозить. Поиграться частотой или вырубить кеш. Если нужно. Мне было не нужно. У меня стоит Pentium E5800
Видяха - Как раз по причине упомянутых Paletted Textures идеально подошел бы топовый GeForce FX. У меня есть, не топовый, но как основную я юзаю Geforce 6800GT AGP 256MB. Почему - да потому что это из самых топовых вариантов, которые поддерживают Windows 98. Поменял на ней кулер на Zalman. На подхвате лежат 5700ый fx и voodoo2.
Звук - SB Audigy 2 ZS. Поддержка Win98 есть, качество платы шикарное, EAX есть.
Остальное не имеет особого значения - собрано всё в корпусе Fractal Design R5, установлено на ссд, есть эмулятор флоппика для флешек.

2. Под Windows XP. Мне было интересно собрать мощный комп, но так, чтобы без бубнов юзать Windows XP.
По платформе можно кратенько, она не очень старая, но не вызывает никаких проблем в работе с Windows XP. Это матплата на Z87 чипсете, Intel i7 4790k и 32ГБ DDR3 2133 (XP ес-но видит только 4, но я использую этот же комп для работы с современыми дистрами Linux)
Видяха 780Ti. Кулер заменен на Arctic трехвентиляторный. Почему - потому что это топовая видяха с поддержкой WinXP. Ну ладно, есть еще очень похожий на нее Titan с 6ГБ памяти, но зачем нам 6 гиговая карта для WinXP?
Оверкил - вроде бы да, НО 1) позволяет играть в не очень требовательные игры в режиме "карта вообще не напрягается не греется не шумит" 2) какой-нибудь FEAR в QHD разрешении на максималках с этим процом грузит ее очень сильно, почти на полную. FPS высокий, но и карта пашет будь здоров.
Звук - Auzentech HomeTheater HD. Очень интересная (и редкая) карта на чипе X-FI с возможностью вывода Hi-res в цифре по HDMI. Подключена к ресиверу.
Остальное не имеет особого значения - собрано всё в корпусе Fractal Design R5, установлено на ссд, а вот эмулятора флоппика нету.